chore: remove legacy startup paths

docs/project-layout.md

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+# Project Layout
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+这个文件只描述当前仓库目录的职责划分，不记录历史迁移过程。
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+如果你想知道“系统现在怎么工作”，优先看 `current-architecture.md`。
+如果你想知道“这个目录现在应该怎么理解”，看本文。
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+## 顶层目录
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+### 主线代码
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+- `backend/`
+  - 后端运行时、服务、API、Pipeline、Agent、工具与测试
+- `frontend/`
+  - React/Vite 前端
+- `shared/`
+  - 前后端共享 schema 与 client 封装
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+### 当前有效的数据与状态目录
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+- `runs/`
+  - 运行态真相源
+  - 每个 `run_id` 下保存 BOOTSTRAP、agent 资产、state、logs、dashboard 导出
+- `workspaces/`
+  - 设计时注册表
+  - 用于 control-plane CRUD，不是默认运行时执行目录
+- `data/`
+  - 项目使用的数据资产与本地数据文件
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+### 文档与部署
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+- `docs/`
+  - 当前仍维护的架构、兼容边界、路线图、目录说明
+- `services/`
+  - 服务边界说明
+- `deploy/`
+  - 部署示例、systemd、nginx 配置
+- `scripts/`
+  - 启动、检查、烟测与辅助脚本
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+### 项目入口与元数据
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+- `README.md`
+  - 英文主说明
+- `README_zh.md`
+  - 中文主说明
+- `pyproject.toml`
+  - Python 项目元数据与依赖
+- `start-dev.sh`
+  - 本地默认开发入口
+- `start.sh`
+  - 偏生产风格的本地启动入口
+
+## 本地环境目录
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+这些目录通常只对当前机器有效，不应作为架构事实源：
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+- `.venv/`
+  - 本地 Python 虚拟环境
+- `.pydeps/`
+  - 本地依赖落地目录
+- `.omc/`
+  - 本地工具状态
+- `.codex/`
+  - 本地代理/工具状态
+
+## 阅读原则
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+- 看运行时行为，优先从 `backend/`、`frontend/`、`runs/` 开始
+- 看控制面编辑与设计态资产，优先看 `workspaces/`
+- 看服务边界，优先看 `services/README.md`
+- 看目录时，不要把本地环境目录当成项目结构的一部分
+- 新增目录前，先判断它属于“主线代码 / 运行态数据 / 文档部署 / 本地环境”中的哪一类
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+## 当前约束
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+- 不再新增参考仓、副本仓、样例快照目录到顶层
+- 不再把测试输出、PID、构建产物、缓存目录提交到仓库
+- 运行态相关的新文件优先放到 `runs/<run_id>/`
+- 设计态注册相关的新文件优先放到 `workspaces/`